学理上，子宫内膜异位症会导致怀孕能力的下降，部分研究也显示可能下降人工生殖的成功率。造成试管成功率下降的原因包括慢性骨盆腔发炎与骨盆腔环境改变(免疫细胞，细胞素等...)，激素变化，输卵管功能异常和子宫内膜容受性的改变等。但药物(脑下垂体抑制成分)和手术是否会改善怀孕的能力，多年来一直有争议，美国生殖医学会及欧洲生殖医学会在2012年及2013年的建议：
当然以影响试管成功率的大方向来说，可以就两方面讨论－卵子品质与子宫内膜环境：
- 卵子品质方面，虽然有许多文献指出子宫内膜异位症可能下降卵子的品质；但是根据2014年SART的数据，在353,022週期数的试管疗程，子宫内膜异位症為唯一因素时，其取卵数，受精率，著床率，怀孕率及活产率都未受影响，且在进入疗程前先使用脑下垂体抑制剂是否会改善取卵数，受精率与胚胎发育目前仍有争议。
- 在子宫内膜容受性方面，则是显示子宫内膜异位症的患者有较高的黄体激素抗性，但若以子宫内膜容受性检测(Endometrial receptivity array)的方式检测多样分子与基因表现，疾病严重程度和其结果关係性不大。有趣的是在一项纳入374位曾进行试管，一次以上著床失败患者的回溯性研究裡，36位子宫肌腺症患者有47%其著床窗有改变，相对338位控制组只有21%有著床窗的改变。
因此以结论来说，进入试管疗程前是否需要先以药物或手术治疗，还是要综合考虑每个人的情况－包括年纪，疾病严重程度，卵子库存量，是否有其他的影响因素(疼痛，怀疑恶性的可能性，及是否存在其他可能造成不孕的因素)。至于胚胎收集后，植入前是否要使用药物治疗，目前还是有争议；除了刚刚提到子宫内膜容受性的问题，降低骨盆腔慢性发炎或许也是医师考量的因素之一。
(註一)指引的结论是根据一篇2006年的考科蓝文献回顾，但该文献回顾认為引用的文献因实验方法不佳可能有偏差的存在，所以认為其回顾的结果需要更多证据．2019年考科蓝文献回顾已推翻2006年的结论，认為人工生殖前使用药物治疗并没有明显的效益，但与2006年的回顾有同样的问题－文献品质不佳。
